Os problemas de velocidade do R são muito conhecidos. Já foram feitos vários esforços para acelerar a linguagem no base-R, colocando Just In Time Compilation, por exemplo. Mesmo assim a linguagem ainda é relativamente lenta. Existem várias iniciativas para acelerar o R. Uma das mais famosas é o R da Microsoft, o R Open. Eles usam bibliotecas que agilizam as contas e usa vários processadores sem precisar fazer nenhum setup.